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在宇智波鼬換眼期間, 宇智波富嶽也由猿飛日斬移植了一雙不知從何而來的眼睛，當然, 是普通的眼睛，而且隨著他的瞳力已經隨著萬花筒寫輪眼與鼬合二為一, 即使給他移植上死去族人的寫輪眼, 他也無法使用任何借助寫輪眼的術了, 而寫輪眼對人的動態視力、神經反應的加成他也再也享受不到。
宇智波鼬看著父親黑色的雙眼，這是他過去十幾年最常見到的那個父親。宇智波富嶽一直是個不怒自威的人，打從戰場上下來, 就很少有什麼事能讓他顯露出寫輪眼了。
本是最熟悉的場景、最熟悉的人, 仿佛什麼都沒有變，可是宇智波鼬記得那天不能控製身體的無助、手上濕乎乎的觸感、那雙血淋淋的空眼眶，且他將永遠記得。
「鼬。」宇智波富嶽想說些什麼, 他的兒子還不到十四歲就要背負著弒父的罪名去做叛忍、要冒著生命危險去一個臭名昭著的組織做臥底, 他覺得自己該說些什麼。
但看著長子那張清秀而無表情的臉, 他又不知道能說些什麼。
如果美琴在就好了。宇智波富嶽想, 可這不現實，宇智波美琴將完美扮演一個傷心的妻子、一個絕望的母親，並且繼續在丈夫「死後」照顧他們的幼子。
「無限月讀的事你已經知道了, 」宇智波富嶽最後選擇了自己最熟悉的模板, 「那你也應該明白，此事一旦被世人所知，宇智波將再無立足之地了。」
宇智波鼬規規矩矩地坐著，他低頭道：「是。」
熟悉的應對模式讓宇智波富嶽鬆了口氣, 他原本不知從何而來的心虛瞬間煙消雲散，嚴肅的語氣一如既往：「一定要盡快解決這件事，一旦事態如斑和帶土的計劃般發展到不可控製的地步，三代就可能要再次召開五影大會，讓全忍界共同對抗他們，那時候就必須解釋清楚寫輪眼和無限月讀的關係了。」
宇智波鼬繼續默默稱是。
宇智波富嶽又說：「宇智波帶土雖然暫時潛伏，但他仍是這個計劃的關鍵人物，如果能在曉見到他，就設法讓他知道黑絕的事、三戰中三尾實驗主導者被幻術控製的事，既然旗木卡卡西堅持他仍可被爭取，那就不妨試試，畢竟同為宇智波。以及設法探查當初以萬花筒控製九尾襲擊木葉造成四代之死的人，究竟是帶土還是斑，或者另有其人，一日不將這個嫌疑洗清，我們就一日不會真正被三代信任。」
宇智波鼬垂下眼睛，忽然問：「父親，您是因為這件事才放棄了原本的計劃，改為全力支持木葉的嗎？」
宇智波富嶽，一個堅定的造反派，本來堅信宇智波一族的力量能夠打贏全木葉的人，受到來自兒子的會心一擊，隻好自打臉道：「是的，憑我們單獨一族的力量，是無法與整個忍界對抗的。」
「我知道了。」宇智波鼬沉靜地說，「我會完成任務的。」
宇智波富嶽覺得自己沒什麼要說的了，他看看鼬，這個一貫獨立冷靜深謀遠慮天資過人令他驕傲擁有一大串形容詞的長子：你也沒什麼想說的嗎？
宇智波鼬很好地收到了他的暗示，以額頭觸地，行禮完畢就要離開宇智波的密室，宇智波富嶽到底忍不住在他離開前說了一聲：「保護好自己。」
宇智波鼬半側身鞠了一躬就離開了。
第二天早上，疑似宇智波富嶽死亡一周、失去雙眼的屍體就被發現了，又三天後，十天前與其父一起失蹤的宇智波鼬被宣布為殺死父親的真凶、遭到木葉的懸賞通緝。
這件事在木葉和宇智波內部引起了何等的軒然大波，繼任的族長止水是如何將調查報告拍到火影的桌子上、遭受重創的美琴和佐助是如何接受不了現實都不必提，宇智波富嶽戴起了麵具，隱於三代火影身後，作為一個火影直屬、無人知道真實身份、從不出任務的新晉神秘暗部，默默地注視著這一切。
宇智波富嶽並不是沒有別的選擇，但他仍然接受了三代的提議假借暗部的身份藏身於幕後。
至於雙方的理由，可能是因為三代火影要保護實力驟降的宇智波富嶽，可能是宇智波富嶽要全程監督三代火影是否履行承諾給了付出巨大代價的宇智波應有的報酬，可能是三代火影要手裡抓著什麼人才能真正對得到了永恆萬花筒又孤身在外的宇智波鼬放心，也可能是宇智波富嶽要確保三代火影沒有濫用宇智波鼬的血樣。
在分析出神社石碑上所說的陰陽之力可能分別指代永恆萬花筒和千手柱間的力量後，三代火影沒有直接祭出木葉所存的初代火影細胞備份，而是抽了宇智波鼬一管血，他得先試一下柱間細胞和他的相性如何。
木葉、不，幾乎所有的忍村都有人體實驗的傳統，木葉在這方麵算是比較有節操的，他們一貫隻對敵方俘虜出手，戰場上打生打死弄死我們這麼多人，好不容易活捉了不給我們做點貢獻發展忍術降低以後麵對你同伴的傷亡就想死？哪有這麼便宜的事。
但自家的忍者，別管多麼稀有的血繼，都沒有出過手——三代火影本來是這麼以為的。
直到他心愛的弟子大蛇丸事發叛逃。
後來又發現老夥計誌村團藏以戰場上收集的孤兒為實驗體，而他本來是說要將他們培養成暗部中的暗部、根的成員的。
當然他也不算說謊，最後活下來的那些，確實成為了根的成員，但死去的那些孩子，那些雖然從村外而來，但既然已經加入木葉就理應受到木葉的庇護也保護木葉的孩子，他們時時刻刻撕扯著三代火影的心髒。