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在聯盟尚未建立之初。
人類把寶可夢稱為魔獸，把那些和寶可夢結伴而行的人類統稱為禦魔師。
各國為爭奪有限的資源，紛爭不斷。
而那些強大的禦魔使卻是可以決定戰爭走向的戰略級武器。
同一時期，氣候宜人的關都地區，因為柑果球（原始精靈球）的出現，誕生了一種名為訓練家的職業，與隻能操縱一到兩隻寶可夢的禦魔使不同，訓練家可以操縱多隻寶可夢，實力自然也就更加強大。
百年後，關都地區的訓練家數量暴增，這股勢力逐漸壯大起來。
無法忍受戰爭的訓練家們決定聯合起來，建立名為石英聯盟的政權，掃平亂世。
而後，隨著大量訓練有素的訓練家登上戰場，不到百年時間，石英聯盟就先後消滅城都、豐緣、神奧、合眾等地區的國家，並在各地建立了對應的子聯盟。
但此時，多年征戰也使得聯盟內部也迎來了最虛弱的時期，加之，聯盟一方麵要維護統治，防止舊勢力卷土重來，另一方麵，又要探索野外，直麵野生寶可夢對城市的進攻。
所以，訓練家的人數驟降。
在這樣的大背景下，聯盟不得不通過了《十歲成年法案》，試圖以這樣的方式，為各地的戰場輸送新鮮血液。
直到本書故事開始的50年前，聯盟才穩住了局麵，成為了當今世界獨一檔的龐然大物。
但是，人類與寶可夢應該保持怎樣的關係，人類該如何處理自然環境和城市建設之間的矛盾，仍是聯盟學者爭論不休、聯盟內部有待探索的世紀難題。
直到故事開始的30年前。
聯盟建立了國際刑警部、監察部、醫療部、警局、精靈中心、道館等機構。
此時，盤踞在各地的舊勢力已被國際刑警部的各級搜查官、國際刑警連根拔除，甚至連灰都沒有留下。
聯盟終於可以把所有的注意力集中在處理野生寶可夢的問題上了。
同一時期，主角的姥爺恩接受理事會（聯盟內部最高權力機構）的指派，前往阿羅拉地區調查一種奇特的寶可夢（究極異獸），失蹤。（究極大都市，存活。）
也就是說，主角母親雅歌女士，在很小的時候就失去了父親。
十幾年後，雅歌又在叔叔的介紹下，和同為國際刑警的蘇行結婚，一年後，蘇行在雅歌懷孕期間，接到任務離去。
（原本，蘇行已經完成了任務，但是在離開前遇到了雅歌父親恩的隊友，得知恩在掩護戰友撤退時，不慎落入了究極之洞，隨後，蘇行決定追查恩的下落，卻不幸遇到了成群的究極異獸，被它們逼入了究極之洞，來到了核汙染嚴重的時空，死亡。）
就這樣，蘇行也一去不返。
眼瞅著自己的孩子越長越大，雅歌擔心自己最後的希望兒子也像父親和丈夫那樣，也像那些在旅途中失去生命的孩子一樣，一去不返。
於是，她將兒子交給鄰居照顧，她自己一個人則前往玉虹大學求學，試圖通過係統化的學習，尋找提高訓練家野外生存能力的方法。
進入學校後，雅歌發現自己的學習天賦並不是很好，但她沒有忘記她是母親，為了自己的孩子可以活著，從那以後，她每天隻睡四個小時，每當鬧鈴響起的時候，她就像聽到了戰歌一樣，起床，前往教室聽課，去圖書館查閱資料、在講座中與寶可夢博士交流。
雅歌就像是一塊海綿，吸收著學術氛圍最好的玉虹大學的先進知識。
（現代精靈球，就是這所學校教授的發明，同時，精英階層很多都是這座學校的校友。）
兩年後，終於，她找到了解決的辦法，那就是通過研究、記錄寶可夢的習性，係統化地編寫一部告訴孩子們哪些精靈危險、那些精靈友善的寶可夢圖鑒。
她相信隨著圖鑒的誕生，隨著孩子們對寶可夢習性熟悉，他們在野外的生存率一定會大大提高。
但這無疑是一個浩大的工程。
恰好，時任冠軍（各地最強訓練家）的大木雪成因為兒子的死亡痛苦不已，他也決心尋找一種能保證訓練家野外安全的方法。
二者在某次講座上，相見恨晚，一拍即合。
這之後，大木雪成放棄了冠軍之位，帶雅歌回到了他的家鄉真新鎮，並在這裡建立了大木研究所。
冠軍的人脈是恐怖的。
源源不斷的寶可夢資料，從各地傳來。
大木博士、雅歌以及他們的助手沒日沒夜地整合著各種毫無關聯的情報，以期早點使圖鑒投入使用。
在雅歌看來，一切都在朝著好的方向發展。
但她不知道的是，鄰居並不像他們表現得那樣熱情、善良，年幼的主角蘇白住進他們家中後，被他們強迫勞動、毆打虐待，吃不飽，穿不暖，過著無比絕望的日子。
再加上，通訊不便，使用信件權力又被鄰居牢牢握在了手中。
年幼的蘇白幾乎看不到任何希望。
終於，又是一次無情的毒打後，9歲的主角穿著單薄的衣服，趁著男主人酒醉之際，逃離了這裡。
在他跑到樹林中，即將昏倒的時候，被剛好路過的火箭隊成員救下，而後，蘇白加入了火箭隊。
盡管火箭隊是關都地區近幾年剛崛起的地下勢力之一，盡管火箭隊的首領板木似乎有著不可告人的秘密，但在這裡，蘇白可以吃飽，可以穿暖，可以與同齡的夥伴一起玩耍，他體會到了前所未有的溫暖，所以，他並不在意自己現在正在做什麼。
但是，好景不長。
在某次和盜獵團的火拚中，蘇白不幸死亡。
幾天後，雅歌得到了火箭隊的通知，猶如五雷轟頂，強行振作起來後，她匆匆告別了大木博士，前往火箭隊所在的常青市，去見兒子。
從火箭隊手中得到被冰封的兒子遺體後，她帶著兒子來到了紫苑鎮。
這裡住著雅歌在玉虹大學讀書時認識的同學，富士博士，這個男人現在主要從事思維數據化，以及克隆方麵的研究。
思維走向極端的雅歌，將最後的希望寄托在了他身上
但遺憾的是，死而復生這種事，富士博士目前根本做不到。
但是家境優渥、學識過人的富士博士，卻給雅歌指了另一條路，他說，某些傳說寶可夢擁有讓人死而復生的能力，希望雅歌可以去嘗試一下。
於是，走投無路的雅歌聽信富士博士的話，在將兒子的遺體交給富士博士保存後，她離開了，踏上了找回兒子的旅途。
（關聯事件：常青森林的雪拉比、世界樹的夢幻、卡洛斯地區的哲爾尼亞斯，反轉世界的騎拉帝納。）
（騎拉帝納事件中，雅歌為了保護被銀河團毀掉白金寶珠騎拉帝納，避免反轉世界破碎從而影響到現實世界，甘願獻出自己的生命，成為了第二顆白金寶珠，幫助騎拉帝納趕走了銀河團。）
……
多年後。
現實世界。
一個嬰兒在深紅區D市的孤兒院門口憑空誕生。
（世界觀參考了汙白大大的全職藝術家，是一個高度統一的多民族國家，現在正致力於研究如何探索外太空、創造新能源等事宜，七大區的順序按照彩虹色排列。）
幾年後，這個孩子被一對善良的夫妻收養，悉心照顧，撫養成人。
某一天，精靈世界，貪玩的夢幻突然想起，多年前，它受一位母親的幫助，恢復了元氣，事後，它決定幫對方實現一個心願，隻是那時的它處於虛弱狀態，超能力不夠，導致那個孩子出現了異世界。
現在是時候將，那個孩子接回來了。
………………
開篇，蹭寶可夢25周年發布會的熱度，簡單描述現實世界，穿越。
穿越的節點，是寶可夢劇場版《超夢的逆襲》的開篇，地點在火箭隊位於新島的研究所，以富士博士為首的研究員正在進行一項計劃——最強兵器計劃（即通過夢幻的睫毛化石克隆超夢。）
而這個時候，主角在寶可夢世界的身體，剛好被富士博士帶到了這裡，這個男人試圖用夢幻的基因影響主角，幫助他回復生機。
隨後，主角穿越，直麵被超夢「核爆」的危險。
新島事件後，主角被迫加入了聞訊趕來的火箭隊。
與此同時，現實世界中的人類被抹去了所有與寶可夢相關的記憶。
當天夜裡，一家名為寶可夢聯社的遊戲公司悄然注冊。
（起因是，神獸們對精靈世界人類將它們視作工具、武器的行為不滿，決定連通兩個世界，一邊讓現實世界的人類以玩遊戲的方式體驗寶可夢世界，樹立和寶可夢和諧共存的意識，一邊讓現實世界的人類見證寶可夢世界人類因無視寶可夢的感受和寶可夢對立而走向毀滅，為將來寶可夢們進入現實世界埋下引子。）
幾個月後，遊戲先導V發布。
引起了社會的廣泛關注和熱議。
年底，關都資料片發布，在深紅地區，率先開啟刪檔測試。
……
反派線：
板木出身於商賈人家。
母親是一家跨地區公司的社長。
玉虹大學畢業後，訓練家天賦千年難遇的板木響應老師橘子婆婆的號召，加入了國際刑警隊，成為了一名國際警察。
盡管工作後，他經歷了很多事，也深切體會到了現實的殘酷，但身為鬥士的他，依舊鬥誌昂揚，對創造一個好美世界的追求保有無限熱情。