775 反製措施（1 / 2）
盡管最近在晚期或轉移性非小細胞肺癌的治療方麵取得了進展，但遠處轉移仍然是癌症相關死亡的主要原因和實現長期生存的障礙。遠處轉移是各種實體腫瘤發展的一個不祥的特征和最終結果，包括nsclc。從腫瘤起源到播散的腫瘤細胞在遠處器官的定植是一個多步驟但效率低下的過程。雖然我們對遠處轉移所涉及的細胞和分子機製有了很好的了解，但不同轉移到原發腫瘤的遺傳分化和係統發育關係仍然很大程度上是不確定的。
新的證據表明，腫瘤的發展可以被認為是一個不斷進化的達爾文模型。轉移也可以被看作是腫瘤細胞通過微觀和/或宏觀進化轉移從原發灶擴散到轉移的進化過程。與經典的轉移隻有在腫瘤形成的後期才出現的觀點不同，最近的研究表明這一過程可能發生在腫瘤形成的早期。為了係統地闡述這一過程，提出了兩個一般的進展模型，即線性進展模型和平行進展模型。
這兩種模式從兩個維度加以區分：(1)原發灶出現轉移的相對時間；(2)預期的遺傳分化，特征是比較原發灶和匹配的轉移灶之間突變的總和。盡管最近對原發腫瘤和轉移灶的比較研究表明，不同類型的癌症可能同時存在線性和平行的轉移進展，但目前尚不清楚癌症不同器官部位的轉移是遵循相同還是不同的進展模式。此外，受癌症影響的同一轉移器官的轉移內和轉移間的異質性仍未完全闡明。對這些問題的更好理解不僅將為轉移過程的生物學提供新的見解，而且還將有可能揭示同時針對原發腫瘤和轉移腫瘤的治療策略的差異。
為了全麵探討肺腺癌最常見的兩種轉移方式--肝轉移瘤(li和腦轉移瘤(br的遺傳差異和親緣關係，我們對10例原發腫瘤(li)和肝轉移瘤(li、11例原發腫瘤(br)和腦轉移瘤(br的63例組織和血液標本進行了全外顯子測序(wes)。為了保證腫瘤的自然進化狀態，在任何係統治療之前，都會將符合條件的組織和外周血液樣本進行匹配。此外，我們還收集了另外16份手術樣本和5例僅有br的肺腺癌患者的配對外周血液，並對其進行了測序。我們的目標包括：(1)確定肺腺癌的libr其原發瘤的單核苷酸變異(snv)和拷貝數變異(v)方麵是否有不同的突變景觀；(2)比較libr進化模式；(3)表征br轉移內和轉移間的異質性。
最典型的突變驅動基因包括28例(667%)樣本中的t53(15例/23例)和12例(286%)樣本中的egfr突變(6例/23例)(圖1a)。值得注意的是，t53和egfr突變在匹配的原發腫瘤和轉移腫瘤之間高度一致。
為了研究腫瘤間的異質性，已識別的基因改變被分類為共享的(存在於原發和轉移腫瘤中)或私有的(僅存在於原發和轉移的腫瘤中)突變。23我們觀察到li列中腫瘤間的同質性明顯更高，被鑒定為共享的基因突變的中位數為663%(範圍為61%-971%)。這與br列中發現的68%(範圍為00%-305%)共享基因突變的中位數形成鮮明對比。
li和li間的t相似(a;a;gt;0999)。
然後，我們利用皮爾遜相關分析計算突變相似度，以描述配對的原發腫瘤和轉移腫瘤之間突變特征的一致性和差異性。如圖1e和1f所示，我們觀察到lili和li間的突變一致性較高，而brbr和br間的突變一致性有限。統計分析表明，li突變相似性的皮爾遜相關係數顯著高於br(=0019)。
我們用皮爾遜相關分析研究了配對的原發瘤和轉移瘤之間v分布的不一致性。結果顯示，li和li間的v模式高度相似，10例中有9例(900%)的earson相關係數大於08。然而，配對的br和br間的vs模式高度不一致，11例中隻有4例(364%)的earson相關係數大於08。統計分析表明，li的v相似性顯著高於br(=0035)。
總共有42條通路在這些樣本中顯著富集，與li相比，li有獨特的顯著豐富的轉移相關通路，如notch信號和ec受體相互作用。notch信號也在br豐富，但在br中不豐富。並且，br還有許多獨特的途徑，如藥物代謝、幾種免疫相關途徑、細胞凋亡和錯配修復。為了了解br和br的通路水平相似性是否也比li和li的降低，我們進行了通路特征分析，並計算了樣本組之間的通路水平相似性(參見材料和方法)。事實上，與它們相匹配的原發腫瘤相比，br明顯不同的途徑富集，而li更多相似的通路。(=00011)。
2配對原發和轉移性腫瘤的係統發育關係
為了研究libr進化過程(例如，線性與平行發展模型4)，我們研究了原發腫瘤和它們匹配的轉移瘤之間的係統發育關係。我們推斷了基因組改變的序列，然後使用兩種獨立的算法重建了每種情況下的係統發育樹。我們在圖3a中列出了每組的三個有代表性的案例。